承接《法证先锋》第一辑的成功，继续以法证人员、法医、和警队精英组成的“灭罪铁三角”为核心，以紧凑剧情发展，加上丰富视觉效果，查案缉凶，振奋人心。
        拆弹专家杨逸升(郑嘉颖)从英国回港探亲，无意碰上一宗手榴弹案，其冷静机警的处事手法深得高级化验师高彦博(欧阳震华)的赏识及鼓励，升终加入法证部，并迅即成为部门新星；升更与阔别十五年的沙煲兄弟——法医作家古泽琛(林文龙)重拾当年情，并替琛快成新郎而高兴。
        可惜琛的未婚妻林汀汀(钟嘉欣)在一次爆炸案中不幸丧命，而博在重案组的女友梁小柔(蒙嘉慧)亦难逃一劫，丧失了持枪能力，其工作须交由毒品调查科的马帼英(佘诗曼)接手，由于英办案手法睿智及高深莫测，深深吸引着琛及升。
        综合鉴证智能、逻辑推理及医学知识，三人为追凶寻证奋不顾身，但在相知相遇中却挣脱不了感情的牵绊；一段法证、法医与执法人员之间的情缘又会……详细剧情