故事从十年前开始。维多利亚岛上守护着世界的和平和秩序的世界树，被邪恶组织“扎昆团”给盯上了，要将它占为已有。这时以人类为主中，一共有联合了四个部族来对抗“扎昆团”。这时，世界树为了自我保护而进行了自我分裂。但是，其它的部族怀疑是人族破坏了世界树。各联盟部族之间的纷争从此不绝……
　　十年后，以阿鲁为主，以寻找世界树的种子，并让世界树复活为目标，伙伴们开始了新的旅程。但“扎昆团”再次出现了……