故事要从坏蛋斯雷特被忍者神龟彻底打败后说起：纽约市恢复往日安宁，斯普林特老师(马考)为了增强这支地下护卫队的战斗力，把四龟中本事最扎实的达芬奇送往南非进修忍术。没了坏人作恶，神龟们似乎也派不上太大用场，达芬奇走后三个兄弟过着百无聊赖的生活：米开朗基罗靠装扮成乌龟造型的小丑在生日派对上搞搞气氛挣生活费；发明家爱因斯坦则躲在地下世界做技术员；神龟不再发挥神力的时候，纽约市又出现了一个“蝙蝠侠”式的夜行侠维护治安，其实他就是四龟中正义感最强的拉斐尔。
　　斯普林特派达芬奇进修的用意本来是希望用一个强大的领导者凝聚神龟的力量，结果忙于各自杂务的神龟越来越生疏，骄傲的拉斐尔对达芬奇能担此重任又很不服气，最终在拉斐尔执意独自执行任务时发生一场争吵，出生入死的好兄弟竟一朝反目。
　　坏人总是在这个时候乘虚而入。百万富翁马克斯(帕特里克?斯图尔特)健康的外表下却有着极其可怕的野心：他潜心收藏世界各地的神秘文物，其实是想在行星位置产生异像的时候利用这些祭器召唤来自远古的邪恶力量，指使一支由怪兽和机械人组成的恐怖军团攻占世界；而斯雷特的余孽部队“鬼脚忍者”在神秘人卡拉(章子怡)的带领下加入邪恶阵营。
　　大敌当前，纽约市面临从未有过的威胁，组织溃散的忍者神龟该如何重振旗鼓、齐心协力击退实力更可怕的两派对手呢？
　　◇ 幕后花絮：
　　无名导演重现一代人集体回忆
　　在“必胜客”尚未在中国普及的90年代初期，披萨饼的概念已通过四只直立行走、擅舞弄棍棒功夫的乌龟深深地灌输到小朋友的头脑里。《忍者神龟》这部动画片已和“米老鼠”“变形金刚”等并列成为一代人童年回忆的标志印记，这也是为什么它将拍成电影的消息一传出就又在全球掀起绿龟风潮。
　　其实在盛产超级英雄的美国，忍者神龟的造型还真有些前无古人的CULT味：主角既不高大又不帅气，既没有神器傍身又没有神功盖世，打救世界靠的是也只是实打实的拳脚功夫。作者皮特?拉尔德和凯文?伊斯特曼1984年出版这部跟着超级英雄风起哄的漫画时并没有预计能多受欢迎，当时也只印了3000本，谁知推出后立刻被抢购一空，之后被改编成动画在世界各地热播十余年、如玩具之类的周边产品热卖的情景就暂且不表了。
　　精明的好莱坞人怎么会浪费这样有挖钱实力的素材？因此在1990年新线就制作出品了第一部《忍者神龟》电影，票房更狂收一亿三千五百万，尝到大甜头的新线随后又发行了两部续篇，尽管因为粗制滥造遭人诟病，但这个系列至今累计也挣下近三亿美元。
　　华纳兄弟公司事隔十年后又相中了这块曾经风靡一时的“肥肉”，但这次他们不要再想过去那样给演员套上一身橡胶衣就算特技化妆，而是用发挥空间更大、更受欢迎的三维CG技术全包拍摄与制作工作。但最初华纳兄弟并不确定他们是否能从原作者手中取得改编权，就在制片人Galen Walker向作者皮特?拉尔德提交创意案、等待对方回应时皮特突然说了句：“乌龟！”这时一只小乌龟正从他们面前缓缓爬过，也许正是这只来路不明的乌龟给Galen Walker带来了好运气：他坐在回程的飞机上打开皮特送给他的签名漫画，扉页上赫然写着：“让我们一起把它拍成电影吧，伙计！”
　　拍摄计划逐步确定下来，除了把为前三部《忍者神龟》电影担当制片、编剧也是作者之一的凯文?伊斯特曼也招致旗下，华纳同时也在物色合适的导演人选，很快他们把这个馋人的位置给了凯文?门罗。这个名字对于大多不熟悉美国动画界动向的人来说相当陌生，实际上在过去十年里他曾供职于迪斯尼、华纳兄弟、动画频道等大公司时为许多电视节目、电影、广告担任导演、场景设计甚至编剧，但令他成名的还是动画产业，美国权威媒体《动画杂志》把他评为“CG业新星”。高调表示自己热爱、了解“忍者神龟”的门罗制作了一段片花就顺利地得到了执导通行证。
　　至于为影片配音的各位演员，门罗有自己的看法，他对梦工厂那套俯首皆大牌的做法没兴趣，特意请来几位实力大于名气的演员为角色献声，可惜的是给斯普林特老师配音的日本演员马考在影片制作完成前一天去世，这部动画片竟成这位在好莱坞打拼40余年的老演员的遗作。而中国影迷不得不关注的章子怡则为女忍者卡拉配音，选择她的理由很简单：美国人至今还是把她视作黄皮肤黑头发的打星，比较符合这个角色的形象。
　　如何在连场武戏和PG分级之间浑水摸鱼
　　因为凯文?伊斯特曼希望这部《忍者神龟》要有所突破，因此不但采用最先进数码技术，连故事也是全新的，门罗和原作者商量着创作出一个和原作线索毫无关系的剧本，剔走了一直“陪伴”忍者神龟的反派斯雷特，换上更酷更坏的新角色。许多“龟粉”对此非常不满，毕竟斯雷特一直是这部作品密不可分的重要部分，但门罗坚称这个创意连原作者皮特都首肯，没有质疑的必要。另外，新的故事除了发扬警恶惩奸精神更强调凝聚“忍者神龟”这个组合的亲情与友情作用，再加上PG的分级，绝对的合家欢型励志片。
提到这个PG分级，门罗明白深受《忍者神龟》影响的那代孩子如今已长成大人，但还有一代孩子正在受它们的熏陶，这些孩子和带他们进电影院的大人才是影片最有潜力的观众；针对这两批年龄和要求大不同的观众，既要把激烈打斗场面贯彻全片又不能为了加强视觉震撼的强度对暴力镜头大肆渲染，他需要把精彩的动作表现在镜头上同时又要做的非常干净；这次和他一同合作的是与美国动画界关系密切的香港著名CG动画公司“意马”（IMGAI），主要的制作工作交由香港同事完成，挑战时差，两地二十四小时轮班开工，在武打片中成长的香港动画师也为他们提供了最理想的动作场面,影片中忍者神龟住的下水道世界也是以香港的下水道构造为模型。
　　作为一部21世纪的影片，门罗和设计师们也不忘改造为忍者龟注入更新潮、更时尚的元素，新的忍者龟比旧电影版里的橡胶人造型更瘦、线条更修长，龟壳和身体的比例也更平均，甚至有让人以为那是胸、腹肌的错觉，而且为了突出每位角色的性格，在造型设定上也有不少小细节-如小动作和皮肤质感、色差等-而不仅仅是靠头巾和武器的不同来分辨各自身份。但总有不买账的人，有的龟粉觉得新的忍者龟太瘦，气质太阴暗，和原作不符，其实这正是对影片的误解，因为影片的效仿对象是本来就比较阴暗的漫画（门罗最初的设想是想把影片直接做成漫画风格的黑白效果），而不是动画片里线条更圆滑、夸张的可爱形象。而真正值得担心的倒是只有85分钟的片长，该怎么分配时间才能把线索分散的故事讲清楚又不耽误观众欣赏精彩打戏。
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